Le Plan National Dépérissement du Vignoble est piloté dans le cadre du CNIV par un Conseil de Surveillance assisté d’un Directoire technique. Ces deux organes s’appuient sur un Conseil scientifique dont les membres sont nommés par le Ministère de l’Agriculture ainsi que sur un Comité mixte de suivi, qui associe tous les partenaires, notamment l’IFV (Institut français de la vigne et du vin), l’Inrae (Institut national de la recherche agronomique), la FFPV (Fédération française de la pépinière viticole), les Chambres d'agriculture ainsi que les acteurs du conseil, du développement, de la formation...