La prémunition, une stratégie de biocontrôle visant à vacciner la vigne pour diminuer l'impact du court-noué

Le grapevine fanleaf virus (GFLV) est l’un des virus responsables de la maladie du court-noué. Cette maladie, à l’origine d’un dépérissement en expansion dans le vignoble français, engendre des pertes économiques majeures mais ne bénéficie d’aucun moyen de lutte efficace. Afin de proposer une alternative de lutte antivirale durable au vignoble, le projet VACCIVINE (conduit par l’INRA de Colmar, 2018-2020) vise à étudier l’efficacité de la prémunition contre le court-noué. La prémunition est une méthode de biocontrôle qui consiste à inoculer une souche virale caractérisée et produisant des symptômes atténués, afin de protéger les plantes dites prémunies contre une infection ultérieure par des souches sévères du même virus. Cette stratégie s’apparente à une vaccination, dans laquelle des mécanismes de défense spécifiques des plantes sont stimulés. 

Ce projet est basé sur un réseau d’expérimentations au vignoble dans lesquelles scientifiques et acteurs de la filière (Champagne, Alsace, Chambres d’Agriculture de l’Yonne et du Vaucluse) collectent des données agronomiques, sérologiques et moléculaires. 
En complément, les nouvelles techniques de séquençage à haut débit (ou High Throughput Sequencing, HTS) sont mises à profit pour caractériser exhaustivement les génomes complets des virus, appelés « virome », infectant les vignes.

A l’issue du programme VACCIVINE, un protocole sera défini pour :

1. assister les partenaires du projet qui réaliseront des prospections en vignobles fortement « court-noués » pour repérer des pieds infectés mais montrant peu de symptômes,
2. sélectionner des souches de GFLV atténuées adaptées à différents vignobles et cépages, et
3. caractériser finement et certifier la présence de la souche de GFLV sélectionnée dans les pieds prémunis, sans autres viroses dommageables à la vigne, avant leur implantation dans ces mêmes zones fortement atteintes par la maladie pour de futurs essais de durabilité de cette stratégie. 

Ce projet alliant des méthodologies traditionnelles (notations de symptômes, tests sérologiques, isolement de souches de GFLV, bouturages) avec des techniques nouvelles (analyse du virome de la vigne par HTS) sera l’une des premières réponses à la lutte biologique contre le court-noué et s’inscrit dans la durée pour accompagner la transition agro-écologique en viticulture. 

De premiers résultats grâce aux techniques de séquençage à haut débit

Un premier article scientifique issu des travaux de VACCIVINE décrit les paramètres optimisés des HTS pour la caractérisation du génome complet de souches de GFLV et pour la détection d’autres virus présents dans un pied de vigne. L’équipe de l’INRA de Colmar a pu mettre en évidence que le virome était complexe avec, au minimum 3 à 7 virus et 2 viroïdes de genres différents, co-infectant une vigne. De façon étonnante, chaque pied semble posséder son propre virome dû aux combinaisons différentes de virus/variants viraux au sein d’une même parcelle. Alors que certains de ces virus déjà bien connus peuvent être considérés comme faisant partie du virome basal chez la vigne, d’autres virus restent à mieux caractériser pour connaitre leur éventuelle importance dans le développement de désordres physiopathologiques. 
A ce jour, une trentaine de souches de GFLV atténuées et provenant des vignobles d’Alsace, Champagne, Bourgogne et Côte du Rhône ont été introduites dans les collections, en serre, à l’INRA de Colmar dans l’attente de leur caractérisation moléculaire et biologique. Avant de pouvoir proposer du matériel expérimental prémuni pour évaluation en zone « court-nouée », les souches de GFLV atténuées seront isolées et caractérisées au laboratoire par des méthodologies originales afin d’infecter des vignes de façon contrôlée uniquement avec la souche virale d’intérêt. Le contenu en virus de ce matériel « initial prémuni » sera analysé par HTS, pour être ensuite multiplié et greffé. Le descriptif du virome de ce matériel initial sera en quelque sorte la carte d’identité des vignes dites prémunies.

Premières identifications de souches atténuées de GFLV

Des traits phénotypiques qualitatifs et quantitatifs ont été collectés en 2016, 2017 et 2018 pour une cinquantaine de vignes. Trois catégories de vignes sont ressorties de cette étude :

1.  des vignes ne montrant pas de symptômes et non infectées par le GFLV (GFLV-),
2.  des vignes infectées par le GFLV mais ne montrant que de faibles symptômes (GFLV+ souches atténuées sélectionnées),
3.  des vignes infectées par le GFLV montrant de forts symptômes (GFLV+ souches non sélectionnées). Les premiers résultats indiquent globalement d’une année à l’autre, une bonne stabilité dans l’expression des symptômes dus au virus.

Par ailleurs les souches atténuées de GFLV sélectionnées semblent intéressantes du fait que les pertes de récolte qu’elles provoquent sont bien moindres que celles observées pour les vignes infectées à forts symptômes.

Ainsi les premières souches virales atténuées pourront être évaluées à partir de 2020 dans des parcelles expérimentales de prémunition dans des essais multilocaux. Ces essais devraient permettre de valider l’effet bénéfique de la prémunition par l’amélioration des niveaux de production dans des zones où la culture de la vigne est difficile du fait de la présence de la maladie du court-noué.

_{Crédits photos : Comité Champagne, Inra Colmar}