Les liens entre sols viticoles et dépérissements du vignoble sont sûrement très importants. Les équipes de l'UMR Agroécologie à Dijon travaillent à développer des indicateurs de la qualité biologique des sols et à mesurer l'impact des pratiques agricoles sur l'évolution des communautés microbiennes des sols.

Aujourd'hui des outils de biologie moléculaire permettent de caractériser l'abondance et la diversité microbienne des sols. Ils sont suffisamment bien développés pour être utilisés en routine ce qui a permis d'accumuler de très nombreuses données sur des types pédoclimatiques à l'échelle de la France. Il est donc possible d'obtenir des diagnostics précis des différents types de sol grâce à ces indicateurs et à des référentiels spécialement développés pour leur interprétation.

Il a été montré que les communautés microbiennes du sol ont un impact fort sur la qualité du sol et le développement de la plante. Par exemple, une baisse de la biodiversité des sols de 30% entraine une baisse de la minéralisation de la matière organique de 40%, une baisse de la productivité végétale de 30 à 40% sur des plantes de grande culture et une baisse de la stabilité structurale de 50%.