Les micro-organismes du sol ont des fonctions très variées : ils jouent un rôle de biostimulation, de biocontrôle (par antibiose ou antagonisme), de biofertilisation (par altération de la roche-mère, de la matière organique, par fixation de l’azote atmosphérique) et de biofiltration des molécules indésirables. L’ensemble de ces activités peut se répercuter sur la croissance des plantes. Ces activités sont elles-mêmes sous l’influence du climat, de la quantité de matière organique des sols (source de carbone), mais aussi de l’espèce végétale cultivée dans la parcelle et des pratiques culturales exercées.

L’INRA de Nancy étudie ces micro-organismes en appréhendant non plus leur taxonomie (i.e. essayer de connaître les espèces en présence), mais leur diversité fonctionnelle (i.e. repérer les fonctions qu’ils remplissent). Par exemple, la biofiltration de l’atrazine a été étudiée et il a été remarqué que les communautés microbiennes sont plus efficaces et abondantes en présence d’une culture de maïs. Un autre exemple concerne la biofertilisation : dans le cas d’une culture de pois, l’activité d’ammonifiation par les micro-organismes est liée à la longueur des racines fines de la plante.