Les maladies du bois sont liées à des champignons qui dégradent les tissus du bois et peuvent provoquer la mort du cep. En bordelais, le Cabernet-Sauvignon et le Sauvignon sont particulièrement touchés par ces maladies.

L'Eutypiose est la maladie la plus connue, elle se manifeste sous la forme d'un rabougrissement (entrenoeuds raccourcis, rameaux et feuilles nanifiées). Il existe une forte variation de sensibilité des cépages à l'Eutypiose : le Cabernet-Sauvignon, le Sauvignon, l'Ugni blanc et la Muscadelle sont les cépages les plus sensibles.
L'Esca et le BDA présentent des symptômes proches pour la forme lente de la maladie. La forme sévère et apoplectique se produit souvent en été pour l'Esca après un épisode pluvieux.

Dans la pratique, le CIVB recommande de respecter les bonnes pratiques de plantation (vérifier la qualité des plants pour réduire les mortalités sur jeunes plantations, soigner la plantation et en particulier la préparation du sol) et les méthodes de prophylaxie par la pratique d'une taille tardive, préservant les flux de sève, l'arrachage et le brûlage des pieds et bras morts. La restauration des pieds atteints passe par le recépage sur des parcelles relativement jeunes ou par le regreffage quand le point de greffe est atteint ou que le pied n'émet plus de gourmands. Il est rappelé que pour l'instant aucune solution viable n'existe en terme de protection chimique ou biologique. Quant au mode de conduite, des essais ont montré l'importance du respect des trajets de flux de sève dans la lutte contre l'Esca avec la mise en place de la taille Guyot-Poussard.

Le cahier technique présente également les pistes de recherche prometteuses.